新药研发网格中药物分子的对接方法
文献类型：期刊论文
| 作者 | 李正夫; 康玲; 于坤千 ; 王希诚
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| 刊名 | 华中科技大学学报(自然科学版)
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| 出版日期 | 2011-06-17 |
| 卷号 | 39期号:1页码:205-208 |
| 关键词 | 网格计算 药物分子设计 对接 优化 受体 配体 虚拟筛选 蛋白质柔性 |
| 文献子类 | Article |
| 英文摘要 | 建立药物分子优化的粗略和精细对接模型,通过最小化分子间的相互作用得到最优的药物分子取向和构型.粗略对接只考虑配体的柔性信息,将配体小分子的运动处理为平移、转动和柔性键旋转3部分,而受体为刚性;精细对接则是在粗略对接模型中引入残基基团的概念,将蛋白质受体划分成若干个残基基团,通过这些残基基团的运动近似表征整个蛋白质的柔性.一个自适应的遗传算法被用于求解上述优化模型,该算法采用多种群遗传策略、信息熵控制的空间减缩搜索技术以及拟精确罚函数方法,能够快速而稳定地逼近最优解.将基于上述模型的粗略对接程序AGAsDock和精细对接程序FlexGAsDock用于新药研发网格,测试结果表明:这些程序能够有效地用于药物分子设计,并具有较高的网格计算效率. |
| 资助项目 | 国家自然科学基金资助项目[11072048] ; 国家高技术研究发展计划资助项目[2006AA01A124] |
| 语种 | 中文 |
| 源URL | [http://119.78.100.183/handle/2S10ELR8/269786]  |
| 专题 | 药物发现与设计中心 |
| 作者单位 | 中国科学院上海药物研究所,药物发现与设计中心,上海 201203, 中国. |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 李正夫,康玲,于坤千,等. 新药研发网格中药物分子的对接方法[J]. 华中科技大学学报(自然科学版),2011,39(1):205-208. |
| APA | 李正夫,康玲,于坤千,&王希诚.(2011).新药研发网格中药物分子的对接方法.华中科技大学学报(自然科学版),39(1),205-208. |
| MLA | 李正夫,et al."新药研发网格中药物分子的对接方法".华中科技大学学报(自然科学版) 39.1(2011):205-208. |
入库方式： OAI收割
来源：上海药物研究所
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