雨生红球藻低覆盖度基因组草图分析
文献类型：期刊论文
| 作者 | 陈军; 郑华军; 刘亚铭; 赵国屏; 秦松
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| 刊名 | 中国生物工程杂志
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| 出版日期 | 2018-07-15 |
| 卷号 | 38期号:07页码:21-28 |
| 关键词 | 雨生红球藻 基因组测序 基因预测 功能注释 |
| ISSN号 | 1671-8135 |
| DOI | 10.13523/j.cb.20180704 |
| 其他题名 | The Analysis of the Low Coverage Haematococcus Pluvialis Draft Genome |
| 产权排序 | (1)中国科学院烟台海岸带研究所海岸带生物学与生物资源利用重点实验室 ; (2)中国科学院大学 ; (3)上海人类基因组研究中心 |
| 英文摘要 | The investigation on the genomic study of Haematococcus pluvialis would be significant to explore the origin and evolution of green algae and the stress responses in Haematococcus pluvialis; and promote the development of Haematococcus pluvialis industry. The low-coverage draft genome of Haematococcus pluvialis was constructed by the Illumina Hiseq 2500 platform. The predicted genome size was approximately 547Mb,with the GC content of 59.2% by calculating k-mer distribution. The draft genome contained 11 059 predicted proteincoding genes and the average gene size and CDS were 1 711bp and 681bp; every gene contained 3.2 exons and the size of exon was 353bp in average. The analysis of metabolic pathway indicated that the low-coverage genome contained whole glycolysis,tricarboxylic acid cycle,phosphopentose,purine and pyrimidine synthesis and other basic metabolism pathway. |
| 语种 | 中文 |
| CSCD记录号 | CSCD:6325763 |
| 资助机构 | 国家重点研发计划#2016YFF0202304 ; 国家自然科学基金面上项目#41376139 ; 烟台市科技计划#2016JHZB007 |
| 源URL | [http://ir.yic.ac.cn/handle/133337/24692]  |
| 专题 | 烟台海岸带研究所_海岸带生物学与生物资源利用所重点实验室 |
| 作者单位 | 1.中国科学院烟台海岸带研究所海岸带生物学与生物资源利用重点实验室; 2.上海人类基因组研究中心 3.中国科学院大学; |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 陈军,郑华军,刘亚铭,等. 雨生红球藻低覆盖度基因组草图分析[J]. 中国生物工程杂志,2018,38(07):21-28. |
| APA | 陈军,郑华军,刘亚铭,赵国屏,&秦松.(2018).雨生红球藻低覆盖度基因组草图分析.中国生物工程杂志,38(07),21-28. |
| MLA | 陈军,et al."雨生红球藻低覆盖度基因组草图分析".中国生物工程杂志 38.07(2018):21-28. |
入库方式： OAI收割
来源：烟台海岸带研究所
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