为了揭示F系和A^＋系的遗传差异以及解析F系的遗传特征,研究基于前期基因组Survey分析发现一个特异于银鲫F系大小为782 bp片段的基础,首先采用混合池筛选方法从银鲫F系BAC文库中筛选出一个包含该特异片段的BAC克隆（F782-BAC）。鸟枪法测序结果表明,F782-BAC序列全长大小为172625 bp,富含转座子序列,包含1个具备完整结构的Tc1-like转座子,以及不具备完整结构的transposase-like、PIF/Harbinger、target-primed reversed transcription（TPRT）和transpon X-element等6个转座子。用地高辛标记F782-BAC质粒得到的DNA探针进行了银鲫F和A^＋系有丝分裂中期相的染色体荧光原位杂交,结果表明不论是在F系还是A^＋系的有丝分裂中期相中,3个阳性荧光信号皆清晰地定位于3条大小相同的近端着丝粒染色体短臂的近着丝粒位置。进一步开展了银鲫A^＋系相应同源的F782-BAC序列的差异鉴定和序列分析,揭示A^＋系缺失了大小为3395 bp的一段序列,且特异于银鲫F系大小为782 bp的片段正好位于其中,并由此筛选出可作为区分银鲫F系和A^＋系的SCAR标记。研究为银鲫的多倍化起源提供了进一步的染色体定位证据,鉴定的SCAR标记可为银鲫分子标记辅助育种提供新的遗传标记。