对草鱼（Ctenopharyngodon idellus）先饲喂人工饲料再饲喂苏丹草,运用PCR-DGGE的方法,比较了食物改变引起的草鱼肠道微生物菌群结构的变化过程。结果显示,饲喂同种饲料的草鱼后肠与前、中肠样品间菌群结构存在显著差异（TH0-F0=-2.268,P〈0.05;TH0-M0=-2.470,P〈0.05）,饲喂不同种食物的相同肠段样品间菌群结构也存在着显著差异（P〈0.05）。微生物多样性指数显示,后肠样品Shannon指数H＇一般不低于4.25,而前、中肠样品H＇均未超过4.25。对后肠样品进一步研究发现,食物改变11 d之后,后肠微生物菌群基本达到稳定。结果表明,草鱼肠道不同部位内容物菌群结构不同,后肠样品具有更高的微生物多样性,并且食物的改变会对草鱼肠道微生物菌群产生快速而显著的影响。