碱基对在DNA双螺旋链上分离的自由能计算（英文）
文献类型：期刊论文
| 作者 | 伍绍贵; 冯丹 |
| 刊名 | 物理化学学报
 |
| 出版日期 | 2016 |
| 卷号 | 32期号:05页码:1282-1288 |
| 关键词 | 平均力势 氢键 分子动力学模拟 伞形取样 |
| 英文摘要 | DNA是大部分生物包括病毒的基因载体。DNA双螺旋链通过A=T和G≡C两种碱基对编码实现对遗传信息的存储。碱基对中的相互作用对DNA双螺旋链的稳定性起到重要作用,直接关系到基因的复制和转录。当前研究中,我们构建了四组不同结构的DNA双螺旋链,进行了总共4.3μs的分子动力学模拟。通过伞形取样技术计算了DNA双螺旋链中碱基对分离的自由能曲线,并从分子尺度细节和相互作用能对自由能曲线进行解析。在碱基对G≡C的自由能曲线(PMF-PGC)上观察到三个峰,通过监测氢键数目的变化发现分别对应于G≡C三个氢键的断裂;而在A=T的自由能曲线(PMF-PAT)上只出现一个峰,说明A=T的两个氢键在分离过程中几乎同时断裂。PMF-PGC的总能垒比PMF-PAT高,主要是因为G≡C比A=T多一个氢键,更稳定。两条曲线的后段自由能仍然升高,而此时碱基对的氢键已断裂,这是DNA链骨架刚性所导致。我们还研究了碱基对稳定性受相邻碱基对的影响,发现邻近G≡C碱基对会增强A=T的稳定性,C≡G会削弱A=T的稳定性,T=A对A=T的影响较小。 |
| 源URL | [http://ir.itp.ac.cn/handle/311006/25633]  |
| 专题 | CNKI期刊论文 |
| 作者单位 | 1.四川师范大学化学与材料科学学院 2.中国科学院理论物理研究所,理论物理国家重点实验室 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 伍绍贵,冯丹. 碱基对在DNA双螺旋链上分离的自由能计算（英文）[J]. 物理化学学报,2016,32(05):1282-1288. |
| APA | 伍绍贵,&冯丹.(2016).碱基对在DNA双螺旋链上分离的自由能计算（英文）.物理化学学报,32(05),1282-1288. |
| MLA | 伍绍贵,et al."碱基对在DNA双螺旋链上分离的自由能计算（英文）".物理化学学报 32.05(2016):1282-1288. |
入库方式： OAI收割
来源：理论物理研究所
浏览0
下载0
收藏0
其他版本
除非特别说明，本系统中所有内容都受版权保护，并保留所有权利。