本发明涉及一种基于藻类细胞能量代谢的磷营养通量模型的构建方法，包括限定藻细胞磷吸收过程的能量代谢包括磷的转运、磷的同化和磷的储存三个环节，综合三个环节的化学反应式，得到藻类磷吸收过程的总反应式，结合线性非平衡热力学函数J＝L·X，磷营养通量J的改变由藻类磷吸收过程总反应的吉布斯自由能变化ΔG推动，未涉及的其他影响因素由线性系数L表征，得到模型表达式。从对藻类磷吸收现象层面的关注转移到细胞能量代谢层面，结合藻类细胞磷转运、同化和储存的重要生理过程，遴选磷在细胞内部的主要物质归宿为三磷酸腺苷(ATP)和聚合磷酸盐(PolyP)，基于热力学函数建立磷营养通量与环境磷浓度的数学关系。