大麦EST-SSR分子标记开发及特征分析
文献类型：期刊论文
| 作者 | 陈欣1; 余懋群2; 龙海2; 邓光兵2; 潘志芬2; 徐德林3; 张洁4 |
| 刊名 | 应用与环境生物学报
 |
| 出版日期 | 2018 |
| 卷号 | 24期号:1页码:102-106 |
| ISSN号 | 1006-687X |
| 关键词 | 大麦 表达序列标签 简单序列重复 分子标记 生物信息 |
| DOI | 10.19675/j.cnki.1006-687x.2017.03037 |
| 其他题名 | Data mining and analysis for simple sequence repeats in expressed sequence tags from barley |
| 产权排序 | 2 |
| 文献子类 | Article |
| 英文摘要 | 大麦是一种古老的栽培作物,也是分子遗传学研究中常用的模式植物,为满足大麦基因作图、遗传多样性、种质资源鉴定和分子辅助育种等研究的需求,拟在NCBI公共数据库基础上,开发基于表达序列标签(EST)的简单序列重复(SSR)分子标记.从NCBI数据库中获得了525 781条大麦EST序列,将这些序列进行聚类和去冗余后共获得61 902个Unigene,随后通过MISA软件搜索Unigene中的SSR位点,并设计引物9 659对,最后通过电子PCR(E-PCR)和普通PCR对引物进行验证.结果显示:(1)61 902个Unigene中含有SSR位点24 648个,其中复合SSR位点5 843个,约占3.42%,单纯SSR位点23 805个,约占96.58%;(2)经E-PCR验证后发现9 659对SSR引物中有1 060对(11%)能够成功扩增出产物;(3)随机选取的11对引物经普通PCR验证发现,这些引物都能在2份野生大麦品种、2份栽培大麦品种及1份小麦、硬粒小麦、荆州黑麦和节节麦中成功扩增.本研究表明日益丰富的EST公共数据库是大麦SSR分子标记的重要来源;利用EST公共数据库、SSR搜索软件,结合E-PCR验证是开发SSR分子标记省时高效的手段. |
| URL标识 | 查看原文 |
| WOS研究方向 | Agriculture (provided by Clarivate Analytics) |
| 语种 | 中文 |
| CSCD记录号 | CSCD:6191068 |
| 源URL | [http://210.75.237.14/handle/351003/30471]  |
| 专题 | 环境治理与食品安全领域_农业生物技术研究 |
| 通讯作者 | 龙海 |
| 作者单位 | 1.成都军区总医院 成都 610083; 2.中国科学院成都生物研究所 成都 610041; 3.遵义医学院 遵义 563099; 4.四川省农业科学院生物技术核技术研究所 成都 610061 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 陈欣,余懋群,龙海,等. 大麦EST-SSR分子标记开发及特征分析[J]. 应用与环境生物学报,2018,24(1):102-106. |
| APA | 陈欣.,余懋群.,龙海.,邓光兵.,潘志芬.,...&张洁.(2018).大麦EST-SSR分子标记开发及特征分析.应用与环境生物学报,24(1),102-106. |
| MLA | 陈欣,et al."大麦EST-SSR分子标记开发及特征分析".应用与环境生物学报 24.1(2018):102-106. |
入库方式： OAI收割
来源：成都生物研究所
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