本发明涉及一种孜然种子多肽部位的制备方法及其应用，该方法是由孜然种子粉，采用先粉粹脱脂，利用乙醇提取，反相碳18色谱柱纯化，最后由离子交换树脂分离技术制备总多肽部位，再利用冷冻干燥精制而成的孜然种子多肽粉，该孜然种子多肽粉部位被验证具有抗细菌和真菌活性。不但具有广泛的抗微生物活性，而且具有一定的抗氧化和降血糖活性，同时具有增强体液免疫及全身免疫的功能，富含人体易消化和吸收的纯天然植物来源多肽和蛋白质。该孜然种子多肽粉部位的特点是既保留了孜然种子多肽蛋白质的同时还实现新疆药用植物资源充分利用的目的；该孜然种子多肽粉作为天然抗菌剂、食品添剂或药物，可用于食品和医药行业。