本发明公开了一种蛋白质自相互作用的预测方法，该方法包括数据集的选择与建立，PSSM矩阵的生成，傅里叶描述子提取特征值，训练集和测试集的构建，分类器模型构建步骤完成，该方法是利用傅里叶描述子提取样本集的特征值，使计算机计算数据集的离散傅里叶变换所需的乘法次数大为减少，也节省了计算量；本发明能够利用随机投影的方法构建模型，大大提高了预测精度，能够得到比较好的预测效果；本发明方法计算代价低，功耗小；可以有效地预测蛋白质的自相互作用，预测效果可以达到93%以上。