本发明公开了一种基于GloVe模型的氨基酸全局特征向量表示方法，该方法包括：输入GloVe模型中语料库的选择与建立，氨基酸序列粒度切分处理，利用GloVe模型训练得到每个氨基酸的特征向量步骤完成，该方法是利用GloVe词向量生成模型处理每个氨基酸序列并得到特征向量，对氨基酸序列进行特征向量化的表示，方便计算机更好的对数据进行处理，并有助于进一步对蛋白质间的相互作用进行预测，最终所有数据集中的每个蛋白质都能够得到300维的特征向量；该方法计算代价低，功耗小；有效地对氨基酸序列进行数值化的表示，为进一步蛋白质自相互作用预测奠定了坚实的基础。