基于新一代高通量测序技术开发巨人半边莲Lobelia deckenii的SSR标记
文献类型：期刊论文
| 作者 | 米奇1; 龙志成1; Muchuku John Kamau1; 陈进明1; 王青锋1 |
| 刊名 | 植物科学学报
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| 出版日期 | 2015 |
| 卷号 | 033期号:006页码:847 |
| 关键词 | 东非特有植物 半边莲属 高通量测序 SSR标记 |
| ISSN号 | 2095-0837 |
| 英文摘要 | 为了开发东非半边莲属特有植物的微卫星分子标记（SSR）,本研究基于Illumina-HiSeq 2000测序平台对巨人半边莲Lobelia deckenii的基因组进行高通量测序。利用MISA软件对获得的基因组数据库进行搜索与分析,共鉴别出58 966个SSR位点,并利用Primer软件成功设计出3558对特异性的SSR引物。利用L.deckenii 3个居群的6个样品对随机挑选的40对SSR引物进行扩增效率检验,发现有32对重复性好且可扩增出清晰条带。利用筛选出的32对SSR引物对来自肯尼亚山居群的24株个体进行PCR扩增并采用荧光分型技术检测多态性,结果显示有14对可扩增出稳定的多态性条带,共有86个等位基因,各SSR位点的等位基因数（NA）为4~9个,观测杂合度（Ho）和期望杂合度（He）分别为0.000~1.000和0.625~0.854。本研究结果表明,通过高通量测序技术开发东非特有植物巨人半边莲的SSR标记是一种简单而高效的途径,这些新的SSR分子标记为巨人半边莲的居群遗传多样性、遗传结构以及对其开展保护生物学研究提供了工具。 |
| 语种 | 英语 |
| 源URL | [http://202.127.146.157/handle/2RYDP1HH/11893]  |
| 专题 | 中国科学院武汉植物园 |
| 作者单位 | 1.中国科学院武汉植物园 2.中国科学院武汉植物园 3.中国科学院武汉植物园 4.中国科学院武汉植物园 5.中国科学院武汉植物园 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 米奇,龙志成,Muchuku John Kamau,等. 基于新一代高通量测序技术开发巨人半边莲Lobelia deckenii的SSR标记[J]. 植物科学学报,2015,033(006):847. |
| APA | 米奇,龙志成,Muchuku John Kamau,陈进明,&王青锋.(2015).基于新一代高通量测序技术开发巨人半边莲Lobelia deckenii的SSR标记.植物科学学报,033(006),847. |
| MLA | 米奇,et al."基于新一代高通量测序技术开发巨人半边莲Lobelia deckenii的SSR标记".植物科学学报 033.006(2015):847. |
入库方式： OAI收割
来源：武汉植物园
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