本发明提供一种基于微流控的纳米孔分离或检测结构，从下至上依次包括底层、中间层、上层，所述底层与中间层之间、中间层与上层之间均设有纳米孔芯片，所述底层、中间层、上层内均设有连通所述纳米孔芯片表面的微流道，所述上层设有电极接口，所述微流道与所述电极接口连通。本发明具有易于安装和可自行组合的特点，可封装现有单个纳米孔芯片或纳米孔阵列芯片，将纳米孔检测、分离技术与微流控技术结合，进而减少实验中纳米孔安装的时间，可实现纳米孔芯片的高通量，多级串联应用。该芯片可以通过两种底层微流道类型和两种上层流道类型，组合出四种类型的单级到多级的芯片，能满足固态纳米孔的大部分封装要求。