本发明涉及一种适用于复杂样品环境中拉曼痕量检测的芯片及其制备方法和使用方法，属于检测技术领域，所述芯片由透明衬底和沉积在所述透明衬底上的贵金属纳米孔阵列组成，所述贵金属纳米孔阵列中各纳米孔为通孔，所述纳米孔内透明衬底上修饰有能够识别靶标分子的捕获探针。该芯片可用于环境污染物、化学战毒品、生物分子等方面复杂样品环境中拉曼痕量检测，且制备工艺简单，易操作，使用时程序简单。