本发明公开了一种自动获取数据的系统，包括驱动模块、数据获取模块和反应靶控制模块，数据获取模块与反应靶控制模块通信连接，反应靶控制模块与驱动模块电连接，数据获取模块包括发送模块、采集模块和数据写入模块；发送模块用于发送换靶信号至反应靶控制模块；反应靶控制模块用于在收到换靶信号后调用驱动模块，并在驱动模块换靶完成时发送一反馈信号至采集模块；采集模块用于采集粒子的波形信号，数据写入模块用于将粒子的能量表征的数据写入文件中，并调用发送模块。本发明能够按照预设的顺序自动更换反应靶，并自动记录粒子轰击反应靶的数据形成的文件，避免了人工记录粒子的截面数据的方式容易出错的情形，提高了获取数据的效率。