本实用新型提供一种纯永磁型永磁波荡器的磁结构，包括周期性排列在电子束传输路径两侧的两排永磁体组，两排之间形成磁间隙，每个波荡器周期长度内包括两个间隔设置的水平磁场源和垂直磁场源，水平磁场源由第一永磁体构成，垂直磁场源由第二永磁体构成，其中，所述第一永磁体的内禀矫顽力比所述第二永磁体的内禀矫顽力高，而所述第一永磁体的剩磁比所述第二永磁体的剩磁低。本实用新型可以在保证纯永磁型波荡器安全运行的同时，较大幅度提高波荡器磁场强度。