本发明涉及一种同步辐射X射线大面积干涉光刻系统，其包括：依次排列的波荡器光源、多个反射聚焦镜、掩膜光栅、具有光阑孔的级选光阑、具有观察孔的样品台、铝膜以及CCD探测器。本发明通过在掩膜光栅与样品之间增设级选光阑，并通过CCD探测器确保掩膜光栅与级选光阑的位置对准，从而使级选光阑能够可靠遮挡经过掩膜光栅分束产生的0级光，避免该0级光照射到样品上，以使样品上产生的±1级衍射光相干区域的周围不存在0级光区域，由此即可通过移动样品台实现样品上的有效曝光区域的大面积拼接。同时本发明还通过采用反射聚焦镜以及铝膜对X射线进行滤波，从而使得CCD探测器能够清楚观察到掩膜光栅与级选光阑的相对位置，从而即可确保两者的对准精度。