本实用新型提供一种用于不同平面样品对准的装置，包括：竖向设置的支架；上基板和下基板，上基板和下基板在水平方向上平行布置且通过支架连接为框架结构，上基板和下基板上分别设置有上对准十字线与下对准十字线，上对准十字线与下对准十字线的中心的连线垂直于上基板和下基板，上对准十字线与下对准十字线在竖直方向上的投影完全重合；以及样品台，样品台平行于上基板设置且通过支架固定于上基板的上方，样品台的中心处具有通孔，通孔的中心处于上基板和下基板的中心连线上。本实用新型通过“三点一线”的光学原理，实现处于不同平面上的样品间的图案对准，对准精度能小于0.1毫米。