本发明涉及一种去除恒流注入对同步辐射红外光束线站影响的系统及方法，其中，所述系统包括：一加速器控制设备，其采集并通过网络向外发布所述同步辐射加速器的实时状态变量，以及一状态获取设备，其通过所述网络查询所述同步辐射加速器的实时状态变量，以判断所述同步辐射加速器的实时状态，若所述同步辐射加速器的实时状态变量指示为所述同步辐射加速器正在注入电子或所述同步辐射加速器的当前流强值达到预设的注入阈值，则所述状态获取设备控制所述傅立叶变换光谱仪停止采集，否则，所述状态获取设备控制所述傅立叶变换光谱仪继续采集。本发明能够简单且大量节约成本地实现消除恒流模式对同步辐射红外光束线站的影响。