本发明涉及一种同步辐射X射线CT校轴系统及方法，其中，所述系统包括样品调节装置以及X射线探测器，所述系统还包括：设置在所述二维倾角调节台上的第一角度传感器；设置在所述X射线探测器上的第二角度传感器；与所述第一、第二角度传感器连接的角度读出设备；与所述角度读出设备连接的校轴控制器；以及连接在所述校轴控制器与二维倾角调节台之间的倾角调节台控制器。本发明实现了当更换样品调节装置、更换X射线探测器或者前后移动X射线探测器时能够通过第一、第二角度传感器测量的绝对的角度值，直接调整样品调节装置中二维倾角调节台的二维倾斜角度的目的，从而直观、便捷地完成校轴过程，节省大量人力工时，并有效提高了校轴精度。