中国天山地区常见植物的 DNA 条形码研究
文献类型：学位论文
| 作者 | 刘彦廷 |
| 答辩日期 | 2019-06-30 |
| 文献子类 | 硕士 |
| 授予单位 | 中国科学院大学 |
| 授予地点 | 北京 |
| 导师 | 张明理 ; 张道远 |
| 关键词 | DNA 条形码 BLAST DNA 条形码树 物种识别率 DNA barcodes BLAST DNA barcoding trees Species resolution |
| 学位专业 | 理学硕士 |
| 其他题名 | Comparison of Species Resolution Rates of DNA Barcoding for Chinese Tianshan Mountains Plants |
| 英文摘要 | DNA 条形码指基因组中长度较短的标准化基因片段。自从这一概念被提出以来，它被广泛的应用于植物物种识别中，特别是在热带，如中美洲，北非等地区，但对温带地区植物种类的鉴定关注较少。本文运用叶绿体编码区片段 rbcL，matK，非编码区片段 trnH-psbA 以及核基因片段 ITS，对中国天山地区的常见植物物种进行识别。 通过基于序列相似性（similarity-based） 方法以及 DNA 条形码树（tree-based） 方法，对不同条形码或不同条形码组合的识别效率进行比较，并最终筛选用于天山地区常见种的最优条形码/条形码组合。结果如下：(1.) 本研究包含了天山地区常见的建群种、优势种和伴生种植物共 307 种，分属于 54 科 206 属。 其中，野外实地调查并采样， 提取 DNA 样本 257 份并送公司测序。 PCR 扩增成功率上， rbcL 为 86.38%（222/257）， matK 为 72.37%（186/257）， trnH-psbA 为 94.55%（243/257）， ITS 为 93.00%（239/257）。 测序成功率上， rbcL 为 99.55%（221/222）， matK 为 94.62%（176/186）， trnH-psbA为 97.94%（238/243）， ITS 为 89.96%（215/239）。(2.) 从 Genbank 数据库网站（NCBI/EBI） 下载序列 2356 条，平均每个序列片段 589 条。 结合上述测序数据， 对不同 DNA 条形码/条形码组合进行物种识别率分析。结果表明， 针对序列相似性方法的物种识别率上（BLAST 比较）， rbcL为 51.27%（科） /48.10%（属）， matK 为 67.09%（科） /63.29%（属）， trnH-psbA为 48.73%（科） /48.73%（属）， ITS 为 50.60%（科） /48.70%（属），且所有条形码/条形码组合在种水平的识别率均较低，不足 20%； 而基于 DNA 条形码树方法的物种识别率上， 联合数据所绘制的最大似然树中（ML 树）， 四种 DNA 条形码的组合，即 rbcL+matK+trnH-psbA+ITS 在种、 属、 科水平的分辨率均为最高， 分别为 85.34%， 95.15%及 100%。而在三种组合情况下，种、属、科水平的识别率均有不同程度的下降，如 rbcL+matK+trnH-psbA 树在种、属、科水平的分辨率分别为 82.74%，91.26%及 100%，而 rbcL+matK+ITS树分辨率分别为 84.36%，91.75%及 100%。 在联合数据绘制的贝叶斯树中， rbcL+matK+trnH-psbA+ITS 与rbcL+matK+ITS 条形码树的分辨率近似，种一级为 84.04%与 83.71%，属一级均为 95.63% ， 科 一 级 均 为 100% 。 综 上 所 述 ， 我 们 推 荐 联 合 条 形 码rbcL+matK+trnH-psbA+ITS 为中国天山地区常见植物的识别条形码。 |
| 学科主题 | 植物学 |
| 语种 | 中文 |
| 源URL | [http://ir.xjlas.org/handle/365004/15342]  |
| 专题 | 中国科学院新疆生态与地理研究所 新疆生态与地理研究所_研究系统 |
| 作者单位 | 中国科学院新疆生态与地理研究所 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 刘彦廷. 中国天山地区常见植物的 DNA 条形码研究[D]. 北京. 中国科学院大学. 2019. |
入库方式： OAI收割
来源：新疆生态与地理研究所
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