本发明涉及一种骆驼奶抗氧化多肽的制备方法及其应用，该方法是由骆驼鲜奶为原料，在温度4℃离心除奶油，采用传统的等电点法沉淀、透析袋、浓缩、冷冻干燥得到总酪蛋白，用胰蛋白酶水解，利用冷冻干燥精制而成抗氧化多肽，再通过超滤膜、凝胶柱子和高效液相分离纯化，得到具有比较强的抗氧化活性的三种骆驼奶抗氧化多肽。其氨基酸一级解构通过高分辨质谱与液质连用色谱技术相结合确定为三个多肽：RLDGQGRPRVWLGR(1665.94Da)，TPDNIDIWLGGIAEPQVKR(2122.13Da)和VAYSDDGENWTEYRDQGAVEGK(2489.09 Da)。该多肽具有增强体液免疫及全身免疫的功能，富含人体易消化和吸收的纯天然蛋白质、18种氨基酸，更适合作为老年人和婴幼儿的理想乳品。