本发明涉及一种沙枣种子抗菌多肽的制备方法及其用途，该方法先将干燥的沙枣种子进行粉碎、脱脂处理之后，采用醋酸提取，丙酮沉淀，再利用反相硅胶柱层析（C18）分离纯化即得到沙枣种子抗菌部位。将得到的沙枣种子抗菌部位利用聚丙烯酰胺凝胶电泳分析成分结果显示：其由分子量4400Da?14000Da之间的多种多肽组成的多肽与蛋白质混合物，该部位被验证其有效的抑制白色念珠菌，大肠杆菌和金黄色葡萄球菌活性。可作为原料或辅助剂用于制备保健品或其他功能性食品中的用途。