棉花花（Floss Gossypii）在维吾尔医中用于治疗精神类疾病和脑部疾病，在新疆具有丰富的资源。团队前期已获得维吾尔药首个有效部位新药“棉花花总黄酮片”临床批件。为支持该新药临床试验研究和后期顺利生产上市，本论文对棉花花基原和资源进行了深入研究，建立了棉花花总黄酮微量成分富集方法，进一步表征其物质基础，在此基础上，开展了棉花花总黄酮体内药代动力学研究和作用机制的预测。1. 棉花花药材资源研究及多基原品种质量对比评价锦葵科棉属植物棉花的花瓣即为棉花花药材，通过维吾尔医古籍、中医古籍以及其他文献对植物棉花传入中国的时间，名称和品种、种植地区的变迁、药用历史、农业考古进行了考证，确定了古代棉花即为多基原的药材。草棉是唐代传入新疆地区，陆地棉则是清晚期传入新疆，证实棉花花药材是清代维吾尔医记载治疗精神类疾病用途。新疆是全国最大的植棉区，对全疆各大棉产区进行了资源勘查，明确了新疆目前棉花花资源以陆地棉为主，全境无野生棉，未见草棉，南疆产区多种植海岛棉；采集了108批样本，调查了棉花花药材的生长环境和生长特性，确定了陆地棉来源的新疆棉花花药材应在每年6-8月进行采收，估算出棉花花药材资源的储量，并确定了鲜品采收的注意事项和晾晒方法。建立了棉花花药材指纹图谱，采用聚类、主成分分析方法来评价不同地区不同品种来源棉花花药材质量和资源特点，结果显示全疆陆地棉质量一致性较好，而陆地棉和海岛棉可明确分为两类，它们主成分差异明显：陆地棉主要特征成分为金丝桃苷、异槲皮素、紫云英苷及槲皮素-3-7-二-O葡萄糖苷、槲皮素-3՛-葡萄糖苷，而这些成分在海岛棉中含量不高。根据主成分分析结果，在含测指标中增加了槲皮素-3-7-二-O-葡萄糖苷，并建立了检测方法。结合含量测定结果确定了东疆为最佳药材产区，其次为北疆。按照中国药典方法，进行了棉花花药材稳定性研究，结果证实新疆气候条件下普通库房棉花花药材可储存5年。2.棉花花总黄酮化学物质表征及标准提高研究建立了棉花花总黄酮中微量成分的富集方法，进行了检测波长选择、溶解度试验和不同流动相体系正交试验等方法学研究，最终确定采用四氢呋喃-甲酸水系统进行一次分离，甲醇-甲酸水系统二次分离得到富集微量成分的方法，共得到13个化合物，经核磁谱图分析确定了结构式，其中原儿茶酸、4-羟基-肉桂醇-4-O-β-D-葡萄糖、原儿茶酸-3-O-葡萄糖苷、槲皮素-4′-O-甲基-3′-O-β-D-葡萄糖苷、三叶豆苷共5个化合物是首次从棉花花药材中分离得到，为棉花花药材评价和棉花花总黄酮中各成分含量测定、以及棉花花总黄酮体内代谢研究提供了物质基础。根据分离得到的化合物结果，建立了同时测定棉花花总黄酮中金丝桃苷、异槲皮素、紫云英苷、槲皮素-3՛-葡萄糖苷、槲皮黄苷、槲皮素和三叶豆苷的含量测定方法；单独建立了棉花花总黄酮中槲皮素-3-7-二-O葡萄糖苷的含量测定方法，这8个黄酮类成分在总黄酮中的含量范围为46%-65%。3. 棉花花总黄酮体内代谢研究与作用机制预测大鼠口服棉花花总黄酮后，血浆中可检测到6个入血原型药物，分别是异槲皮素、金丝桃苷、紫云英苷、三叶豆苷和槲皮素-7-O-葡萄糖苷、槲皮素-3՛-O-葡萄糖苷，但后两者由于不稳定，未能完成方法学验证；完成了前4种成分的方法学验证，发现血药浓度高于已知原型化合物的II相代谢产物槲皮素-3-O-葡萄糖醛酸苷，确定了大鼠口服给药棉花花总黄酮的药时曲线和药代动力学参数。利用Pubchem、Swiss Target Prediction、Disgenet、String、PubChem多个数据库，结合棉花花中已有报道和此次分离明确的化合物，构建药物-成分-靶点通路网络，以对棉花花总黄酮可能机制进行分析预测，得到与阿尔茨海默病相关靶点80个，其中表皮生长因子受体EGFR、雌激素受体ESR和影响Tau蛋白活性的PI3K-Akt信号通路、内分泌的抑制、松弛素信号通路等是前期研究未涉及的，对后期棉花花总黄酮进行深入的机制研究提供了思路和方向。