本发明提出了一种基于模糊聚类和基因本体语义相似性的可重叠蛋白质复合物识别方法和系统，包括网络构建模块、数据预处理模块、参数定义模块、模型构建模块、模型求解模块、蛋白质复合物识别模块以及结果展示模块，通过综合考量蛋白质相互作用网络中蛋白质间的相互作用关系和蛋白质间的基因本体语义相似性来实现蛋白质复合物识别。本发明直接作用于蛋白质相互作用网络，能够识别网络中的可重叠蛋白质复合物，效果准确度高，能够有效解决蛋白质相互作用网络中的蛋白质复合物识别问题。