本发明涉及一种基于高阶结构的生物网络聚类方法和系统，包括网络构建模块、模型构建模块、网络聚类模块、冗余删除模块以及结果展示模块。利用生物网络中丰富的高阶结构信息以识别其中的功能模块，结合高阶马尔可夫随机过程的优势，能够针对各种类型的网络模体进行聚类分析。本发明有着优秀的表现，基于高阶结构信息的聚类结果为生物网络分析提供了新的思路，如重叠蛋白复合物的识别和新信号通路的推断，同时也揭示了生物网络中所呈现的丰富的组织结构。本发明直接作用在蛋白质相互作用网络、基因共表达网络等生物网络上，效果准确度高，是一个非常可靠的生物网络聚类方法和系统。