本发明公开了一种基于混合隶属度随机块模型的蛋白质相互作用预测方法和系统，该系统由数据处理模块、复合物隶属度计算模块和结果生成模块组成，基于随机块的蛋白质相互作用预测方法，从数据库中获取蛋白质相互作用数据，对获得的数据进行处理；应用随机变分推理对蛋白质相互作用网络进行分析，计算复合物隶属度指标；基于复合物隶属度指标的计算结果，对蛋白质相互作用进行预测，展示预测结果。该系统通过混合隶属度随机块模型以及复合物识别方法，分析蛋白质相互作用网络，预测蛋白质相互作用，并展示相关预测结果，提高预测准确度。