本发明涉及一种棕色棉纤维色泽基因Lc1的辅助选择的分子标记及用途，属于植物分子遗传学和彩色棉种质创新技术领域，涉及棕色棉纤维色泽基因Lc1的分子标记开发及其定位方法。本发明首次获得与Lc1基因连锁的分子标记，其中NAU1043与Lc1的遗传距离为3.85cM，标记NAU2862与Lc1遗传距离为7.75cM，皆可用于该基因的分子标记辅助育种。利用本发明的NAU1043和NAU2862分子标记辅助育种选择目标明确，可节约选育时间，不受环境影响，提高效率，降低选育成本，而且为进一步图位克隆Lc1基因奠定了技术基础。