本发明涉及一种酶催化氧化体系制备壬二酸的方法，该方法将油酸，脂肪酶，溶剂搅拌混合均匀，滴加过氧化氢溶液，室温反应，过滤并回收催化剂，旋转蒸发回收溶剂，采用乙酸乙酯重结晶便可得到9,10-二羟基硬脂酸；在将9,10-二羟基硬脂酸的油相中加入过氧乙酸溶液，经萃取、过滤、烘干即可得到产物壬二酸。壬二酸的产率最高可达60-70%（以油酸计）。本发明所述的方法工艺清洁，环境友好，不污染环境，第一步环氧化反应无需加热、加入高浓度过氧化氢和贵金属催化剂，不需要长时间通氧气，臭氧，反应中不需要高压，反应完毕后脂肪酶可以回收重复使用，实施条件简单，便于进行规模化生产。