本发明提供一种一种辣椒红素和番茄红素双红色素软胶囊的制备方法，由囊材和芯材制成，囊材为水溶性高分子材料，芯材为辣椒红素油树脂和番茄红素油树脂的组合物，将芯材溶解在油溶性溶剂中，然后乳化均质得到双红色素组合物，该双红色素均一、稳定，能够调配出多种色调，是一种可在水中稳定分散的固体粉状物，再将油状的天然红色素组合物经过包囊化，按常规方法滴制或压制成软胶囊即可。通过该方法获得的辣椒红素和番茄红素双红色素软胶囊能够在水中稳定分散，并且提高了色素贮藏的稳定性，工艺过程简便，有利于工业化生产，主要应用于食品、医药品和化妆品着色等。