公立基金会与私人基金会都是科研资助的重要力量,两者在不同的历史阶段都对科学的发展做出了巨大贡献。对两者资助差异性的分析是有效设计国家科研资助布局,提高科研资助效率的基础。以2009—2018年英国生物医学领域公立基金会与私人基金会资助项目、产出论文中所蕴含的多维数据信息为样本,构建了从投入端到产出端的全过程多维资助差异性分析模型。在传统的统计分析、文献计量方法的基础之上引入了内容分析的方法。基于长周期、大样本、多维度的数据分析,得出了如下结论:(1)公立基金会与私人基金会在资助重点上各有侧重,互为补充。(2)私人基金会在促进合作、提升学术水平、服务技术创新发展方面形成了有益的实践。(3)公立基金会的资助出现"新瓶装旧酒"的问题,而私人基金会的资助则产生"老树开新枝"的效果。基于数据分析所形成的结论为全面、深刻地认识两类基金会的资助差异,合理有效地开展政府科研资助布局与设计提供了证据支撑。最后,基于上述分析结论提出了对我国科学资助的相关政策建议。