基于二代高通量测序技术的新型冠状肺炎病毒S朊突变点分析
文献类型：期刊论文
| 作者 | 徐朋朋; 李爽; 金德才; 万云洋 |
| 刊名 | 微生物学杂志
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| 出版日期 | 2020-09-10 |
| 卷号 | 41期号:01页码:52-57 |
| 关键词 | 二代高通量测序 新型冠状肺炎病毒 新型冠状病毒肺炎 刺突糖朊 突变点 |
| 英文摘要 | 通过对美国华盛顿洲在2020年3至4月底爆发的新冠肺炎病人二代高通量测序数据分析,找出新冠病毒刺突糖蛋白(简称S朊)中存在的所有突变类型,为研究病毒在体内复制的突变规律及研究疫苗提供基础资料。利用NCBI中公布的130例美国华盛顿区报道的新冠肺炎病人二代高通量测序数据,进行序列组装,并对其朊编码基因进行深度突变分析,找出其潜在的疑似抗原变异位点(antigen variation,以下简称突变点)。排除30条未获全长的数据,共获得100份病人完整的SARS-CoV-2序列,其S朊编码基因,主要突变点集中在S1区的SP区及受体结合区(RBD)之前的间隔区(突变区基本呈连续分布:126aa～153aa, 194aa～204aa)和S2区的1250aa～1270aa区。100份样本的数据研究结果显示,新冠病毒S基因在病人体内复制过程中较为稳定,编码氨基酸的突变点(突变频率>15%)呈单样本散在分布,且S2区较S1区更为稳定。未在新冠病毒的RBD区找到突变率>20%的点,而S区散在零星突变区域主要集中在S1区间隔区(126aa～153aa, 194aa～204aa处,且基本呈连续分布)和S2末端约20aa处。 |
| 源URL | [https://ir.rcees.ac.cn/handle/311016/46646]  |
| 专题 | 生态环境研究中心_中国科学院环境生物技术重点实验室 |
| 作者单位 | 1.中国石油大学(北京)油气资源与探测国家重点实验室地层微生物资源与应用研究中心非常规油气科学技术研究院 2.南京普维康生物科技有限公司 3.中国科学院生态环境研究中心 4.华北理工大学实验动物中心 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 徐朋朋,李爽,金德才,等. 基于二代高通量测序技术的新型冠状肺炎病毒S朊突变点分析[J]. 微生物学杂志,2020,41(01):52-57. |
| APA | 徐朋朋,李爽,金德才,&万云洋.(2020).基于二代高通量测序技术的新型冠状肺炎病毒S朊突变点分析.微生物学杂志,41(01),52-57. |
| MLA | 徐朋朋,et al."基于二代高通量测序技术的新型冠状肺炎病毒S朊突变点分析".微生物学杂志 41.01(2020):52-57. |
入库方式： OAI收割
来源：生态环境研究中心
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