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基于CUDA的位并行近似串匹配算法

文献类型:期刊论文

作者崔文科1; 徐克付2; 李娜娜2; 胡玥1
刊名计算机工程
出版日期2012
卷号38.0期号:022页码:267
关键词图形处理器 计算统一设备架构 位并行 近似匹配 存储访问
ISSN号1000-3428
英文摘要为满足文本检索、计算生物学等领域海量数据匹配对高性能计算的要求,提出一种基于计算统一设备架构(CUDA)的位并行近似串匹配算法。结合图形处理器(GPU)的高并行计算结构及存储带宽特性,通过优化数据存储方式,实现并行化动态规划矩阵算法(BPM)的加速,并对加速性能进行对比测试。实验结果表明,BPM算法通过GPU加速能获得20倍左右的加速比。
语种英语
源URL[http://119.78.100.204/handle/2XEOYT63/32997]  
专题中国科学院计算技术研究所期刊论文_中文
作者单位1.北京科技大学计算机与通信工程学院
2.中国科学院计算技术研究所
推荐引用方式
GB/T 7714
崔文科,徐克付,李娜娜,等. 基于CUDA的位并行近似串匹配算法[J]. 计算机工程,2012,38.0(022):267.
APA 崔文科,徐克付,李娜娜,&胡玥.(2012).基于CUDA的位并行近似串匹配算法.计算机工程,38.0(022),267.
MLA 崔文科,et al."基于CUDA的位并行近似串匹配算法".计算机工程 38.0.022(2012):267.

入库方式: OAI收割

来源:计算技术研究所

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