随着经济体制改革的深入进行，特别是科技体制改革和拨款制度改革的推行，科研事业单位为求得自身的生存与发展，必须积极主动的争取纵向和横向的科研任务。科研事业单位的运作模式已由单一的国家财政拔款转变为多种资金来源的业务模式。不同来源的科研经费有着不同的管理要求，科研事业单位必须加强科学化精细化的管理，方能满足各种科研资金管理的要求。这些变化对科研事业单位现有的会计核算带来了挑战。由于长期以来对于会计核算不够重视，财务管理意识薄弱，科研事业单位普遍存在会计核算基础工作不规范、会计信息失真、核算管理制度不健全等问题，会计核算不能提供真实可靠的财务信息。解决目前会计核算中存在的问题，对于科研事业单位财务管理具有重要的意义。在此背景下，如何提高科研事业单位会计核算水平，保证会计信息质量是首要解决的问题。本文从科研事业单位会计核算的重要性出发，结合科研事业单位会计核算的特点，阐述了目前科研事业单位会计核算存在的问题，深入分析问题形成的原因，同时根据科研事业单位的实际情况，有针对性的提出了完善科研事业单位会计核算的有效措施，以期实现提升科研事业单位财务管理水平，推进我国科研事业单位健康可持续发展。