基于精氨酸酶切的蛋白质C端肽段富集方法的优化及评估
文献类型：期刊论文
| 作者 | 赵晓晓1,2; 胡昊2; 赵雯思2,3; 刘萍1,2; 谭敏佳1,2,3
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| 刊名 | 色谱
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| 出版日期 | 2021-06-09 |
| 卷号 | 40期号:1页码:17-27 |
| 关键词 | 化学乙酰化 蛋白质C端组学 反向富集 固相萃取枪头膜片过滤柱 生物质谱 |
| ISSN号 | 1000-8713 |
| DOI | 10.3724/SP.J.1123.2021.03030 |
| 其他题名 | Optimization and evaluation of protein C-terminal peptide enrichment strategy based on arginine cleavage |
| 英文摘要 | 基于聚合物的蛋白质C端反向富集策略是用于研究蛋白质C端最为广泛的策略之一。目前,基于胰蛋白酶(trypsin)切割精氨酸残基C端(ArgC型酶切)的蛋白C端组学方法对蛋白质C端的鉴定深度仍有待提高。为解决这一问题,该研究对此方法进行了优化和评估:建立了基于"V型"过滤装置的"一锅法"富集流程,避免了副反应的干扰,缩短了样本的制备时间;优化了蛋白水平乙酰化反应条件,最大限度地降低了丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸残基上的副反应,提高了肽段鉴定的可信性;优化了基于固相萃取枪头膜片过滤柱(StageTip柱)的样品分离过程,使C端肽段的鉴定深度增加至原来的4倍。通过以上优化,按照肽段水平错误发现率(FDR)<0.01、离子分数(ion score)≥20,且C端带有乙醇胺修饰的数据筛选标准,从人HEK 293T细胞中共鉴定出696个蛋白质C端。若仅要求肽段水平FDR<0.01,鉴定数目进一步增加到933个,这是基于聚合物富集策略的蛋白质C端组学方法所得的最大数据集之一。探索了胰蛋白酶镜像酶(LysargiNase)切割精氨酸残基N端(ArgN型酶切)与不同肽段N端衍生化修饰组合对蛋白质C端鉴定数目和种类的影响,"LysargiNase酶切+肽段N端乙酰化"新策略在原有"胰蛋白酶酶切+肽段N端二甲基化"策略的基础上将鉴定蛋白质C端的种类提升了47%。综上,该研究通过对基于Arg型酶切的蛋白C端组学方法的优化,提升了C端肽段的鉴定深度,扩大了C端肽段鉴定的覆盖范围。该方法将有望成为系统性表征蛋白质C端的有力工具。 |
| 语种 | 中文 |
| WOS记录号 | MEDLINE:34985212 |
| 源URL | [http://119.78.100.183/handle/2S10ELR8/309283]  |
| 专题 | 新药研究国家重点实验室 |
| 通讯作者 | 谭敏佳 |
| 作者单位 | 1.南京中医药大学新中药学院; 2.中国科学院上海药物研究所新药研究国家重点实验室; 3.中国科学院大学 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 赵晓晓,胡昊,赵雯思,等. 基于精氨酸酶切的蛋白质C端肽段富集方法的优化及评估[J]. 色谱,2021,40(1):17-27. |
| APA | 赵晓晓,胡昊,赵雯思,刘萍,&谭敏佳.(2021).基于精氨酸酶切的蛋白质C端肽段富集方法的优化及评估.色谱,40(1),17-27. |
| MLA | 赵晓晓,et al."基于精氨酸酶切的蛋白质C端肽段富集方法的优化及评估".色谱 40.1(2021):17-27. |
入库方式： OAI收割
来源：上海药物研究所
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