本发明公开了一种对存在天顶盲区的两轴旋转系统指向误差的修正方法,包括：步骤1,确定两轴旋转系统指向范围；步骤2,误差采集：获得误差在球环上的分布；步骤3,模型拟合：将误差采集中得到的指向范围内均匀分布的误差数据,通过球环函数使用最小二乘法进行拟合,得到拟合系数；步骤4,指向误差补偿：将球环函数模型和相关的拟合系数,放入指向控制系统,进行补偿。本发明的方法,适用于存在天顶盲区的各种两轴旋转系统的指向误差修正,修正精度高；且该模型稳定性强,对噪声不敏感。