本发明提供一种估算水声定位系统时钟偏差方法，包括计算迭代过程中第k次的迭代传导矩阵和迭代残差向量；计算用户接收机三维坐标误差、发射机与接收机的时钟偏差的误差；并基于时钟偏差值的误差值对时钟偏差不断进行更新，直至时钟偏差满足用户定位精度，得到最终用户接收机新的三维坐标值、发射机与接收机的时钟偏差。本发明通过利用迭代方式来求解发射机和用户接收机时钟偏差，充分考虑发射机和用户接收机时钟误差带来的影响，解决系统工作时间较长时的定位精度问题，令求解的最终用户接收机新的三维坐标值、发射机与接收机的时钟偏差更加精准。