国立科研机构作为国家战略科技力量，在解决事关国家全局和长远发展的重大问题上发挥着极其重要的作用。日本作为重要的科技强国之一，国立科研机构在其科技创新的过程中发挥了重要的作用。本文基于日本科技发展变化大背景，从历史发展和科技创新体系两个角度梳理国立科研机构职能定位变化和机构管理的特征。研究发现，日本国立科研机构职能呈现如下特征：国立科研机构职能变迁与日本整体经济社会发展的需求同步；以立法形式确立国立科研机构战略定位与使命，明确国立科研机构的法律地位；以成果评估导向兼顾科研效率的评价体制，保持机构的活力；改革人才管理制度促进人才合理流动与竞争发展。最后针对我国国立科研机构提出如下建议：1）及时根据国家战略需求调整定位，建议国家赋予国立科研机构更多的自主权，以便采用灵活柔性的管理体制与机制，促进科研成果的高效产出；2）针对国立科研机构定位的不同，完善分类评价制度的建设；3）针对科技创新人才、创业领军人才、产业急需人才、优秀青年人才等分类制定人才引进和培养计划以及经费配套政策。