青海省青稞主栽品种昆仑14与昆仑15的基因组序列多态性比较
文献类型：期刊论文
| 作者 | 徐金青; 边海燕; 陈同睿; 王蕾; 王寒冬 ; 尤恩; 邓超; 唐有林; 沈裕虎
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| 刊名 | 中国农业科学
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| 出版日期 | 2024 |
| 卷号 | 57期号:21页码:4192-4205 |
| 关键词 | 青稞 昆仑14 昆仑15 重测序 多态性 |
| 英文摘要 | 【目的】昆仑14和昆仑15是目前青海省青稞的主栽品种，也是青稞育种工作中重要的骨干亲本。比较昆仑14和昆仑15的基因组序列，为青稞重要性状区间/位点追溯、系谱分析及其二者在分子设计育种方面的利用提供参考。【方法】在田间调查昆仑14和昆仑15的农艺性状和籽粒性状，并进行全基因组重测序（测序深度≥15×）。系统比较2个品种拷贝数变异（CNV）、单核苷酸多态性（SNP）和插入/缺失（InDel）等序列差异。以SNP分布规律为依据，鉴定二者之间的多态性热点区间和序列相似区间。比较分析多态性热点区间和序列相似区间的突变类型。对2个品种的特有CNV变异区间和多态性热点区间内的基因进行富集分析。【结果】除株高和穗下节长度外，二者在其他农艺性状和籽粒性状上存在较高的相似性。与大麦Morex参考基因组相比，2个品种有83 Mb共有CNV变异区间，昆仑14和昆仑15特有的CNV变异区间总长分别为37和38 Mb。昆仑14特有CNV区间内含有564个基因，显著富集在15个GO条目中。昆仑15特有CNV区间内含有519个基因，显著富集在7个GO条目中。在全基因组水平鉴定出昆仑14和昆仑15存在1 706 Mb多态性热点区间和2 411 Mb序列相似区间。多态性热点区间内含有16 768个基因，其功能主要与植物生长发育相关。多态性热点区间和序列相似区间在SNP变异类型、InDel长度分布、突变影响编码功能的比例上差别不大。多态性热点区间和序列相似区间中基因序列上的SNP与InDel变异的类型主要是错义突变，其次是同义突变。【结论】昆仑14和昆仑15的田间表型相似，全基因组水平上，二者之间存在75 Mb的CNV变异区间，差异多态性热点区间主要分布在3H、6H和7H。 |
| 源URL | [http://210.75.249.4/handle/363003/62186]  |
| 专题 | 西北高原生物研究所_中国科学院西北高原生物研究所 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 徐金青,边海燕,陈同睿,等. 青海省青稞主栽品种昆仑14与昆仑15的基因组序列多态性比较[J]. 中国农业科学,2024,57(21):4192-4205. |
| APA | 徐金青.,边海燕.,陈同睿.,王蕾.,王寒冬.,...&沈裕虎.(2024).青海省青稞主栽品种昆仑14与昆仑15的基因组序列多态性比较.中国农业科学,57(21),4192-4205. |
| MLA | 徐金青,et al."青海省青稞主栽品种昆仑14与昆仑15的基因组序列多态性比较".中国农业科学 57.21(2024):4192-4205. |
入库方式： OAI收割
来源：西北高原生物研究所
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