深海化能极端环境中劳盆拟刺铠虾(Munidopsis lauensis)的全长转录组测序分析
文献类型：CNKI期刊论文
| 作者 | 闫晗 ; 惠敏; 沙忠利; 程娇
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| 发表日期 | 2023-09-30 |
| 出处 | 海洋与湖沼
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| 关键词 | 劳盆拟刺铠虾 深海化能生态系统 全长转录组 功能注释 极端环境适应 |
| 英文摘要 | 劳盆拟刺铠虾(Munidopsislauensis)是一种十足目铠甲虾,能够适应深海化能合成生态系统的极端环境,但是其已知基因序列信息却很少。为此,采用PacBio平台的SMRT测序技术对来自南海台西南冷泉劳盆拟刺铠虾的肝胰腺、鳃、肌肉和肠混合组织进行了三代全长转录组测序。通过聚类、校正、去冗余之后共获得28 811条高质量isoform,平均长度为2 086 bp, N50长度为2 275 bp。使用Nr、SwissPort、KEGG、KOG数据库对转录本序列进行功能注释,共有20 616 (71.56%)条isoform得到注释。进一步高级注释共获得21 848个蛋白编码序列,共预测到537个转录因子、6 430个长链非编码RNA和10 060个SSRs位点。KEGG通路分析发现两条可能与劳盆拟刺铠虾适应深海化能极端生境相关的通路,分别为过氧化物酶体通路和谷胱甘肽代谢通路。其中,共有180条isoform被发现参与编码过氧化物酶体通路中的31个关键酶,213条isoform参与谷胱甘肽代谢通路中19个关键酶的编码。基于全长转录组数据,利用同源比对、功能结构域预测及系统发育树构建等方法对劳盆拟刺铠虾谷胱甘肽S-转移酶(GST)基因家族进行挖掘与鉴定,共发现属于theta、delta、mu、kappa四种亚家族的20条GST候选序列。通过对劳盆拟刺铠虾全长转录组测序、功能注释和环境适应相关的重要基因及通路的分析,不仅丰富了深海组学数据资源,也为进一步揭示甲壳动物适应深海化能极端环境的分子机制奠定了基础。 |
| 文献子类 | CNKI期刊论文 |
| 资助机构 | 中国科学院战略性先导科技专项,XDB42000000号,XDA22050302号 ; 国家自然科学基金项目,42025603号 |
| 卷 | v.54期:05页:229-241 |
| 语种 | 中文; |
| 分类号 | Q953 |
| ISSN号 | 0029-814X |
| 源URL | [http://ir.qdio.ac.cn/handle/337002/187002]  |
| 专题 | 中国科学院海洋研究所 |
| 作者单位 | 1.中国科学院大学 2.中国科学院海洋研究所海洋生物分类与系统演化实验室青岛市海洋生物多样性与保护重点实验室 3.崂山实验室 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 闫晗,惠敏,沙忠利,等. 深海化能极端环境中劳盆拟刺铠虾(Munidopsis lauensis)的全长转录组测序分析. 2023. |
入库方式： OAI收割
来源：海洋研究所
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