黄海潮间带和浅海表层沉积物中植物DNA提取和PCR扩增的方法学探索
文献类型：CNKI期刊论文
| 作者 | 陈家鑫; 刘佳文; 法文龙; 李浩天; 类彦立
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| 发表日期 | 2023-05-30 |
| 出处 | 海洋与湖沼
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| 关键词 | 分子生物学 海洋沉积物 植物DNA 方法学 |
| 英文摘要 | 海洋沉积物中的植物信息具有重要的生态学和古环境意义,但传统方法只能通过研究沉积物中的孢粉获取植物信息。随着分子生物学的进步,探索利用海洋沉积物中的植物分子多样性解释全球变化成为了一种新的尝试。文章首次尝试了对海洋沉积物中的植物DNA进行提取与PCR扩增,通过使用不同的DNA提取方法(DNA提取试剂盒)和PCR扩增条件[2倍浓缩的PCR扩增预混合溶液(Mix)退火温度、循环数、DNA模板量以及引物],探索海洋沉积物中植物DNA提取和PCR扩增的方法,并在采自黄海潮间带以及浅海表层的沉积物中进行了检验。共尝试了32种方法,结果表明:强力土壤微生物DNA提取试剂盒(DNeasy PowerSoil)以及2×TransTaq HiFi PCR SuperMixⅠ是较好的DNA提取与扩增条件;对于潮间带表层沉积物样品,最佳退火温度为55°C,最佳循环数为55个循环;而对于浅海表层沉积物样品,最佳退火温度为59°C,最佳循环数为45个循环;此外,相对于rbcL引物, gh引物的扩增结果更好。这项研究首次成功提取并扩增了海洋沉积物中的植物DNA,以期应用于海洋沉积物中植物分子多样性的分析,为研究全球环境变化和陆地植被变化提供一种新的技术途径。 |
| 文献子类 | CNKI期刊论文 |
| 资助机构 | 国家自然科学基金资助项目,U1906211号 ; 国家自然科学基金资助项目,41976058号 ; 青岛海洋科学与技术试点国家实验室,2021WHZZB0804号 ; 山东省泰山学者工程专项经费资助支持,TS20190963号 |
| 卷 | v.54期:03页:132-145 |
| 语种 | 中文; |
| 分类号 | Q943.2 |
| ISSN号 | 0029-814X |
| 源URL | [http://ir.qdio.ac.cn/handle/337002/187104]  |
| 专题 | 中国科学院海洋研究所 |
| 作者单位 | 1.中国科学院海洋研究所海洋生物分类与系统演化实验室青岛市海洋生物多样性与保护重点实验室 2.中国科学院大学 3.南方海洋科学与工程广东省实验室(珠海) |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 陈家鑫,刘佳文,法文龙,等. 黄海潮间带和浅海表层沉积物中植物DNA提取和PCR扩增的方法学探索. 2023. |
入库方式： OAI收割
来源：海洋研究所
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