DNA/RNA提取及处理方法对评价沉积物中纤毛虫分子多样性的影响
文献类型：CNKI期刊论文
| 作者 | 李龙召; 黄平平 ; 徐奎栋; 赵峰
|
| 发表日期 | 2022-07-15 |
| 出处 | 海洋科学
 |
| 关键词 | eDNA eRNA DNA/RNA提取 纤毛虫 分子多样性 |
| 英文摘要 | 环境DNA(eDNA)技术结合高通量测序已广泛应用于评价微型生物多样性与群落构成。相较于eDNA,RNA在环境中易降解,环境RNA(eRNA)可更准确地反映群落近期生命活性状态。理论上,基于eRNA检获的生物多样性要低于eDNA检获的总体多样性。但前期已发表研究显示同一站点eDNA获得的多样性低于eRNA检获量,推测可能原因包括:1)样本量不同;2)RNA中存在DNA污染。为验证假设,本研究以陆架区2个站位沉积物中的纤毛虫为实验对象,系统性比较4种DNA/RNA提取方法:DNA直接提取(0.9 g沉积物),大样本量DNA直接提取(2 g), DNA洗脱法(2 g), RNA直接提取法(2g);以及3种RNA提取后的处理方法:无DNA酶反转录,含DNA酶反转录,先纯化RNA再反转录。研究结果表明,大样本量(2 g)DNA直接提取法所检获的可操作分类单元(OTUs)约为小样本量(0.9 g)的2倍。相同样本量下, DNA洗脱法检获的OTUs最多,而DNA直接提取检获的OTUs低于有/无DNA酶反转检获的数量,先纯化再反转录所获得OTUs最少。就群落构成而言, DNA洗脱法和RNA纯化可有效降低浮游类群比例,可更真实展现底栖群落的构成。综上,建议使用DNA洗脱法评价沉积物中微型生物的总体多样性;采用eRNA研究具有生命活性的生物群落时,反转录之前可纯化RNA,以获得更加准确的具有生命活性的群落信息。 |
| 文献子类 | CNKI期刊论文 |
| 资助机构 | 国家自然科学基金资助项目(41876171)~~ |
| 卷 | v.46;No.397期:07页:54-62 |
| 语种 | 中文; |
| 分类号 | Q958 |
| ISSN号 | 1000-3096 |
| 源URL | [http://ir.qdio.ac.cn/handle/337002/187391]  |
| 专题 | 中国科学院海洋研究所 |
| 作者单位 | 1.中国科学院大学 2.中国科学院海洋大科学研究中心 3.中国科学院海洋研究所海洋生物分类与系统演化实验室 4.山东省生物物理重点实验室德州学院生物物理研究院 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 李龙召,黄平平,徐奎栋,等. DNA/RNA提取及处理方法对评价沉积物中纤毛虫分子多样性的影响. 2022. |
入库方式： OAI收割
来源：海洋研究所
浏览0
下载0
收藏0
其他版本
除非特别说明，本系统中所有内容都受版权保护，并保留所有权利。