Class2 CRISPR-Cas系统发掘及分析方法
文献类型：CNKI期刊论文
| 作者 | 朱晓菲; 黄娇媚; 原昊; 万逸 |
| 发表日期 | 2021-03-25 |
| 出处 | 热带生物学报
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| 关键词 | Cas酶发掘 CRISPR-Cas系统 生物信息学分析 |
| 英文摘要 | 近年来,规律间隔成簇短回文系统(CRISPR-Cas)作为基因编辑手段在动植物基因编辑中已广泛应用。现已被证实的Class2类CRISPR-Cas系统CRISPR-Cas12、CRISPR-Cas14等均通过生物信息学手段被发掘出来,因此,生物信息学成为发现新CRISPR-Cas系统及其子类型的重要方法。笔者综述了Cas酶两类生物信息学发掘手段,一类方法是通过已知Cas酶建立隐马尔科夫模型(HMM)预测可能的同类Cas酶;另一类方法是以标志序列Cas1或CRISPR识别为基础分析上下游可能的Cas酶,同时讨论了两种方法的限制。在此基础上,综述了Cas蛋白和CRISPR序列进一步分析方法,包括Cas蛋白同源性、进化分析及CRISPR序列间隔序列(spacers)、前间隔序列(protospacers)前间隔序列临近基序(PAM)分析。 |
| DOI标识 | 10.15886/j.cnki.rdswxb.2021.01.017 |
| 文献子类 | CNKI期刊论文 |
| 资助机构 | 山东省腐蚀科学重点实验室开放课题资助项目（HD-KFKT-2019019） |
| 卷 | v.12;No.45期:01页:119-127 |
| 语种 | 中文; |
| 分类号 | Q78 |
| ISSN号 | 1674-7054 |
| 源URL | [http://ir.qdio.ac.cn/handle/337002/187807]  |
| 专题 | 中国科学院海洋研究所 |
| 作者单位 | 1.海南大学信息与通信工程学院 2.海南大学海洋学院/南海海洋资源利用国家重点实验室 3.中国科学院海洋研究所/山东省腐蚀科学重点实验室 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 朱晓菲,黄娇媚,原昊,等. Class2 CRISPR-Cas系统发掘及分析方法. 2021. |
入库方式： OAI收割
来源：海洋研究所
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