基于454和Illumina高通量测序平台对长江口邻近海域沉积物微生物群落的比较分析
文献类型：CNKI期刊论文
| 作者 | 王勋功; 李迎; 甄毓; 米铁柱; 贺惠; 张玉
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| 发表日期 | 2018-09-12 |
| 出处 | 海洋环境科学
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| 关键词 | 16S rRNA 454焦磷酸测序 Illumina测序 微生物群落 |
| 英文摘要 | 作为第二代测序技术的主要平台,454和Illumina测序方法在微生物核酸分析方面有着广泛应用。本研究以16S rRNA基因为标靶,分别采用454和Illumina测序技术对长江口邻近海域表层沉积物中的微生物DNA进行分析,通过对序列长度、微生物群落多样性及组成进行比较,分析两种方法在沉积物微生物群落结构研究方面的适用性。结果表明,Illumina测序获得的序列数和OTU数要多于454,其中获得的OTUs中以非优势菌群为主。Illumina与454相比能够检出更多微生物菌群,且检测到的稀有菌群占有较大比例。综上可知,Illumina测序技术在分析微生物群落多样性及物种组成方面要优于454测序技术,454的长序列优势并未能体现出来,且454测序技术可能低估了微生物组成及其多样性。 |
| DOI标识 | 10.13634/j.cnki.mes.2018.05.021 |
| 文献子类 | CNKI期刊论文 |
| 资助机构 | 国家自然科学基金(41620104001,41521064) ; 中国科学院海洋生态与环境科学重点实验室 ; 青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学开放课题(KLMEES201601) ; 青岛海洋科学与技术国家实验室鳌山卫科技创新计划项目(2016ASKJ02) |
| 卷 | v.37;No.172期:05页:145-151+170 |
| 语种 | 中文; |
| 分类号 | X55;X172 |
| ISSN号 | 1007-6336 |
| 源URL | [http://ir.qdio.ac.cn/handle/337002/188842]  |
| 专题 | 中国科学院海洋研究所 |
| 作者单位 | 1.青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学功能实验室 2.海洋环境与生态教育部重点实验室 3.中国海洋大学环境科学与工程学院 4.中国海洋大学海洋生命学院 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 王勋功,李迎,甄毓,等. 基于454和Illumina高通量测序平台对长江口邻近海域沉积物微生物群落的比较分析. 2018. |
入库方式： OAI收割
来源：海洋研究所
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