海洋沉积物氨氧化菌群落结构的测序分析
文献类型：CNKI期刊论文
| 作者 | 贺惠; 陈阳阳; 王勋功; 甄毓; 米铁柱; 于志刚; 李迎 |
| 发表日期 | 2018-08-15 |
| 出处 | 海洋科学
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| 关键词 | 氨氧化细菌 454高通量测序技术 illumina测序技术 克隆文库 沉积物 |
| 英文摘要 | 本文以氨氧化细菌(ammonia-oxidizing bacteria,AOB)特征基因氨单加氧酶(ammonia monooxygenase,AMO)α亚基基因(amoA)为目标基因(～491bp),分别采用克隆文库、454高通量测序和illumina测序技术对其群落结构进行了比较研究。结果表明, 454高通量测序和illumina测序技术得到的菌群多样性及丰富度均高于克隆文库技术。在菌群组成方面,虽然3种测序技术检测到的优势类群均为亚硝化螺菌,但在菌群丰度方面存在差异。3种测序技术中,克隆文库技术在很大程度上可能高估物种丰度,且对部分低丰度类群的检测能力有限;illumina单端测序由于其测序片段较短,可能存在物种注释错误、不能准确区分各物种间序列差异等问题;比较而言, 454高通量测序技术能较为全面和准确地反映海洋沉积物中AOB的菌群结构特征。 |
| 文献子类 | CNKI期刊论文 |
| 资助机构 | 国家自然科学基金项目(41521064,41620104001) ; 中国科学院海洋生态与环境科学重点实验室、青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学开放课题(KLMEES201601)~~ |
| 卷 | v.42;No.350期:08页:24-31 |
| 语种 | 中文; |
| 分类号 | P736.21;Q938 |
| ISSN号 | 1000-3096 |
| 源URL | [http://ir.qdio.ac.cn/handle/337002/188856]  |
| 专题 | 中国科学院海洋研究所 |
| 作者单位 | 1.中国海洋大学海洋生命学院 2.青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学功能实验室 3.海洋环境与生态教育部重点实验室 4.中国海洋大学环境科学与工程学院 5.海洋化学理论与工程技术教育部重点实验室 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 贺惠,陈阳阳,王勋功,等. 海洋沉积物氨氧化菌群落结构的测序分析. 2018. |
入库方式： OAI收割
来源：海洋研究所
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