日本鳗鲡离散SNP标记筛选及群体遗传多样性分析
文献类型：CNKI期刊论文
| 作者 | 于磊 ; 刘炳舰; 刘进贤
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| 发表日期 | 2018-02-26 |
| 出处 | 中国海洋大学学报(自然科学版)
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| 关键词 | 酶切位点相关DNA测序技术 日本鳗鲡 离散SNP标记 保护遗传学 遗传多样性 |
| 英文摘要 | 日本鳗鲡(Anguilla japonica)野生资源数量锐减,亟需对其开展群体遗传学和保护遗传学研究。单核苷酸多态性标记(SNP)是重要的遗传标记,然而在日本鳗鲡中还尚未有报道。本研究采用酶切位点相关DNA测序技术开发了日本鳗鲡的离散SNP标记,利用KASPar技术对辽宁丹东和福建三沙两个群体共61尾玻璃鳗样品进行SNP分型,验证所开发SNP标记的多态性。研究共得到38个多态性较高的离散SNP标记。在丹东群体中,这38个位点的观测杂合度(Ho)为0.000~0.407,期望杂合度(He)为0.033~0.484;在三沙群体中,这38个位点的观测杂合度(Ho)为0.032~0.500,期望杂合度(He)为0.032~0.494。这表明已处于濒危状态的日本鳗鲡依然具有较高的遗传多样性水平。丹东群体中的AJ_SNP_03位点和三沙群体中的AJ_SNP_25和AJ_SNP_35位点偏离哈温平衡,所有位点间均不存在连锁不平衡现象。丹东群体和三沙群体间的遗传距离FST值为-0.005(P=0.898),表明这两个群体间无显著的遗传分化,符合日本鳗鲡随机交配的属性。研究结果表明,本研究开发的SNP标记可以用于解析日本鳗鲡的群体遗传结构及探究其本地适应性,为其资源的保护提供基础资料。 |
| DOI标识 | 10.16441/j.cnki.hdxb.20170204 |
| 文献子类 | CNKI期刊论文 |
| 资助机构 | 国家自然科学基金项目(41676137) ; 青岛海洋科学与技术国家实验室鳌山人才项目(2015ASTP-ES05) ; 国家基金委-山东省联合基金项目(U1606404) ; 中国科学院百人计划项目资助~~ |
| 卷 | v.48;No.279期:04页:40-50 |
| 语种 | 中文; |
| 分类号 | S917.4 |
| ISSN号 | 1672-5174 |
| 源URL | [http://ir.qdio.ac.cn/handle/337002/189009]  |
| 专题 | 中国科学院海洋研究所 |
| 作者单位 | 1.中国科学院海洋研究所海洋生态与环境科学重点实验室 2.中国科学院大学 3.青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学功能实验室 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 于磊,刘炳舰,刘进贤. 日本鳗鲡离散SNP标记筛选及群体遗传多样性分析. 2018. |
入库方式： OAI收割
来源：海洋研究所
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