海洋沉积物中微生物基因组DNA提取方法的比较研究
文献类型：CNKI期刊论文
| 作者 | 贺惠; 张玉 ; 甄毓; 米铁柱; 陈阳阳; 于志刚
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| 发表日期 | 2017-06-15 |
| 出处 | 中国海洋大学学报(自然科学版)
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| 关键词 | 沉积物 微生物 DNA提取 |
| 英文摘要 | 沉积物成分复杂,腐殖酸等物质含量较高,这些杂质在DNA提取过程中不易除去,可能会对后续的PCR扩增等产生抑制作用。因此,高质量DNA的获得是海洋微生物分子生态学研究的基础和前提。本研究采用6种不同的方法,分别提取同一来源海洋沉积物样品中的微生物基因组DNA。对DNA纯度、得率、16SrRNA基因拷贝数和微生物群落特征等多方面进行比较,结果表明:方法1(QIAamp DNA Stool Mini Kit)、方法2(PowerSoil~DNA Isolation Kit)和方法3(RNA PowerSoil~DNA Elution Accessory Kit)得到的DNA产量较低,纯度却较高,可以直接用于后续分子生物学分析;与方法2相比,方法3得到的细菌16SrRNA基因拷贝数和单位质量DNA中可扩增细菌16SrRNA基因模板量较低;方法4(SDS高盐法)得到的DNA虽然产量高,但杂质含量也高,抑制了后续PCR反应的进行;方法5(方法4得到的DNA经QIAamp DNA Stool Mini Kit纯化)和方法6(方法4得到的DNA经PowerSoil~DNA Isolation Kit纯化),虽然纯度有所提高,但DNA大量损失,且耗时长,花费高。另外,方法2在提取过程中可以最大程度裂解菌体细胞壁,能更好反映微生物群落特征。综合以上结果,方法2(PowerSoil~DNA Isolation Kit)提取海洋沉积物微生物基因组DNA效果最佳。本研究可为海洋微生物分子生态学研究提供一种有效的技术手段。 |
| DOI标识 | 10.16441/j.cnki.hdxb.20160246 |
| 文献子类 | CNKI期刊论文 |
| 资助机构 | 国家自然科学基金项目(41521064,41376093) ; 中国科学院海洋生态与环境科学重点实验室、青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学开放课题项目(KLMEES201601)资助~~ |
| 卷 | v.47;No.268期:06页:20-27 |
| 语种 | 中文; |
| 分类号 | Q933 |
| ISSN号 | 1672-5174 |
| 源URL | [http://ir.qdio.ac.cn/handle/337002/189281]  |
| 专题 | 中国科学院海洋研究所 |
| 作者单位 | 1.青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学功能实验室 2.中国海洋大学海洋生命学院 3.中国海洋大学海洋环境与生态教育部重点实验室 4.中国海洋大学环境科学与工程学院 5.中国海洋大学海洋化学理论与工程技术教育部重点实验室 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 贺惠,张玉,甄毓,等. 海洋沉积物中微生物基因组DNA提取方法的比较研究. 2017. |
入库方式： OAI收割
来源：海洋研究所
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