基于形态学与核糖体DNA及其cDNA高通量测序的海洋沉积物中纤毛虫多样性比较
文献类型：CNKI期刊论文
| 作者 | 黄平平 ; 赵峰; 徐奎栋
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| 发表日期 | 2017-03-15 |
| 出处 | 海洋与湖沼
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| 关键词 | 海洋底栖纤毛虫 物种多样性 分子多样性 DNA高通量测序 c DNA高通量测序 |
| 英文摘要 | 高通量测序技术广泛应用于环境真核微生物多样性的研究,可检获较之传统形态学方法更高的多样性。然而,检获的高分子多样性与基于形态的物种多样性在构成上的差异仍然不明。本研究首次对比分析了基于形态学的南黄海沉积物中的纤毛虫物种多样性与基于核糖体18S DNA和c DNA高通量测序的多样性异同。结果表明:形态鉴定获得8纲、20目、30科、36属共97种纤毛虫;DNA测序检获10纲、28目、55科、76属共174个OTUs;而通过c DNA测序获取的纤毛虫多样性最高,获10纲、31目、68科、99属共284个OTUs。研究发现,形态学方法检获的纤毛虫均为底栖生纤毛虫;两种分子手段检获的多样性更高,群落结构更为近似,覆盖了形态鉴定所获的绝大部分类群。但DNA测序还检获了序列比例高达90%的浮游类群,可能源于包囊或死亡沉降的物种;而c DNA测序检获了约7%的浮游纤毛虫序列。较之DNA测序,c DNA法检获的底栖纤毛虫在群落结构上与形态学结果更为接近。本研究表明,分子手段有助于更全面地揭示沉积物中的纤毛虫多样性,DNA测序可同时揭示休眠包囊、胞外DNA及过去群落的信息,而c DNA测序在研究活动纤毛虫多样性上更有优势。 |
| 文献子类 | CNKI期刊论文 |
| 资助机构 | 国家自然科学基金项目,41476144号,41506167号,41306153号 |
| 卷 | v.48期:02页:84-95 |
| 语种 | 中文; |
| 分类号 | Q953 |
| ISSN号 | 0029-814X |
| 源URL | [http://ir.qdio.ac.cn/handle/337002/189359]  |
| 专题 | 中国科学院海洋研究所 |
| 作者单位 | 1.中国科学院海洋研究所海洋生物分类与系统演化实验室 2.中国科学院大学 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 黄平平,赵峰,徐奎栋. 基于形态学与核糖体DNA及其cDNA高通量测序的海洋沉积物中纤毛虫多样性比较. 2017. |
入库方式： OAI收割
来源：海洋研究所
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