基于转录组数据的凡纳滨对虾微卫星标记开发
文献类型：CNKI期刊论文
| 作者 | 杨铭; 于洋 ; 张晓军; 王全超; 刘敬文; 李富花; 相建海
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| 发表日期 | 2017-02-15 |
| 出处 | 海洋科学
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| 关键词 | 凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei) 微卫星 转录组 遗传多样性 |
| 英文摘要 | 对虾遗传多样性和育种研究需要大量的分子标记。作者利用凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)转录组测序数据,采用MISA软件进行微卫星序列挖掘,共获得14 767条微卫星序列。统计发现在凡纳滨对虾中微卫星出现的频率为16.76%;在所有的微卫星序列中,2碱基微卫星最多,占59.53%;其次是3碱基微卫星,占35.78%。随机选取其中74条序列设计引物,通过DNA混池扩增和分型的方法进行微卫星标记的开发,PCR扩增的显示有54对(72.97%)能扩增出清晰的目的条带,进一步分型的结果显示27条(36.49%)微卫星显示出多态性,从这些多态性的微卫星位点中选择11个位点在"科海1号"种质库材料中进行个体分型,结果显示在该群体中微卫星标记的等位基因数目为2~11个不等,期望杂合度值为0.256~0.858,观察杂合度为0.213~0.875,多态性信息含量为0.221~0.830,在11个位点中有4个位点显著偏离HWE(P<0.05)。本研究结果为后续使用微卫星标记进行对虾遗传学研究,促进对虾的遗传选育和种质资源保护提供了重要基础。 |
| 文献子类 | CNKI期刊论文 |
| 资助机构 | 国家自然科学基金资助项目(31502161,31672632) ; 国家“863”高技术研究发展计划资助项目(2012AA10A404)~~ |
| 卷 | v.41;No.332期:02页:98-104 |
| 语种 | 中文; |
| 分类号 | S917.4 |
| ISSN号 | 1000-3096 |
| 源URL | [http://ir.qdio.ac.cn/handle/337002/189410]  |
| 专题 | 中国科学院海洋研究所 |
| 作者单位 | 1.中国科学院海洋研究所实验海洋生物学重点实验室 2.福州市海洋与渔业技术中心 3.中国科学院大学 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 杨铭,于洋,张晓军,等. 基于转录组数据的凡纳滨对虾微卫星标记开发. 2017. |
入库方式： OAI收割
来源：海洋研究所
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