海带转录组SSR序列特征及其相关基因功能分析
文献类型：CNKI期刊论文
| 作者 | 李秋莹 ; 张杰; 姚建亭; 王秀良; 段德麟
|
| 发表日期 | 2016-11-15 |
| 出处 | 海洋科学
 |
| 关键词 | 微卫星 转录组 简单序列重复(SSR) 海带(Saccharina japonica) |
| 英文摘要 | 对海带(Saccharina japonica)转录组测序数据进行分析,从70 497条Unigenes中共检测到9 237个简单序列重复(SSR)位点,并对包含SSR序列的Unigenes进行功能注释。海带转录组中SSR的类型十分丰富,其中单核苷酸和三核苷酸重复SSR的数量最多,分别占SSR总数的40.9%和39.4%,其次为四核苷酸、二核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复,分别占SSR总数的9.8%,6.1%,3.1%和0.7%。SSR重复单元类型共有147种,其重复次数的范围为5~70次。功能注释发现约50%含有SSR的Unigenes获得了注释信息,并且大多数与已知蛋白有同源性。COG、GO功能分类结果均表明,大量含有SSR序列的基因与多种生物功能有关,其中与碳水化合物代谢及参与细胞组成相关的基因数量最多。本研究结果为深入开发功能性SSR标记奠定基础,也为开展海带分子标记辅助选育提供支持。 |
| 文献子类 | CNKI期刊论文 |
| 资助机构 | 国家自然科学基金项目(31272660) ; 国家科技支撑计划项目(2013BAB01B01) ; 国家海洋公益性行业科研专项(201405040)~~ |
| 卷 | v.40;No.329期:11页:3-8 |
| 语种 | 中文; |
| 分类号 | S917.3 |
| ISSN号 | 1000-3096 |
| 源URL | [http://ir.qdio.ac.cn/handle/337002/189498]  |
| 专题 | 中国科学院海洋研究所 |
| 作者单位 | 1.中国科学院海洋研究所 2.青岛海洋科学与技术国家实验室实验海洋生物学与生物技术实验室 3.中国科学院大学 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 李秋莹,张杰,姚建亭,等. 海带转录组SSR序列特征及其相关基因功能分析. 2016. |
入库方式： OAI收割
来源：海洋研究所
浏览0
下载0
收藏0
其他版本
除非特别说明，本系统中所有内容都受版权保护，并保留所有权利。