基于中国明对虾不同组织EST数据的基因表达差异分析
文献类型：CNKI期刊论文
| 作者 | 隗健凯 ; 柳承璋; 张晓军; 王兵; 董波; 李富花; 相建海
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| 发表日期 | 2013-05-15 |
| 出处 | 水产学报
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| 关键词 | 中国明对虾 表达序列标签(EST) 组织差异 组织高表达基因 |
| 英文摘要 | 对前期获得的中国明对虾头胸部、血液、眼柄、卵巢4种组织的EST测序数据进行了生物信息学挖掘和分析。4种组织的原始EST序列分别为10 446条、2 690条、1 067条和1 282条,通过聚类拼接得到unigene 3 454条、1 053条、406条和544条,对其进行了NR、GO、KEGG等数据库的功能注释,并在此基础上进行了组织差异分析。通过同源比对的方法找出了各组织特异的转录本,并根据注释信息将其进行了GO功能分类。结果显示,血液组在细胞杀伤、迁移和节律等功能分类上特异性富集;眼柄组在色素生成、信号传递和生物学调控等功能分类上特异性富集;卵巢组在营养贮存运输、繁殖和定位等功能分类上特异性富集。拼接时聚类到一起的EST数目在一定程度上可以代表基因的表达量,据此对各组织的高表达基因进行了分析。结果显示,peritrophin、elongation factor 1-alpha、thrombospondin和arginine kinase 4个基因在组织中分布较为广泛且表达量高,提示其可能参与对虾多种重要的生物学过程。而在血液组中注释到的高表达基因还包括penaeidin、cytochrome c oxidase和14-3-3 like protein基因,在眼柄组中注释到的高表达基因还包括arrestin和rhodopsin基因。此外,为了解各组织共有基因的差异表达情况,对peritrophin和peroxiredoxin进行了分析,发现了peritrophin基因的多形式和高表达现象。 |
| 文献子类 | CNKI期刊论文 |
| 资助机构 | 国家“八六三”高技术研究发展计划(2012AA10A404,2012AA092205) ; 国家自然科学基金项目(30972245,41076101,31172396) |
| 卷 | v.37期:05页:24-34 |
| 语种 | 中文; |
| 分类号 | S917.4 |
| ISSN号 | 1000-0615 |
| 源URL | [http://ir.qdio.ac.cn/handle/337002/190858]  |
| 专题 | 中国科学院海洋研究所 |
| 作者单位 | 1.中国科学院海洋研究所实验海洋生物学重点实验室 2.中国科学院大学 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 隗健凯,柳承璋,张晓军,等. 基于中国明对虾不同组织EST数据的基因表达差异分析. 2013. |
入库方式： OAI收割
来源：海洋研究所
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